La Junta Directiva está constituida por cinco miembros, y le corresponde la administración superior de la Universidad. Sus integrantes duran dos años en sus cargos y pueden ser reelegidos.
Es el órgano encargado de acordar las decisiones del más alto nivel. Así, le corresponde aprobar las políticas globales de desarrollo, entre ellas el Plan de Desarrollo, la estructura académica y administrativa, la creación y supresión de carreras, el presupuesto anual, etc. De esta instancia emanan los lineamientos estratégicos.
Fruto de los procesos evaluativos y autorregulatorios, la Junta Directiva ha evolucionado en cuanto a su conformación y funcionamiento, incorporándose a ella personas destacadas en la educación superior y en la gestión empresarial.
En esa línea, en 2006 la Asamblea de Socios reeligió a los empresarios René Eduardo Fourcade y José Rosemberg y eligió como nuevo miembro para la Junta Directiva al agricultor, empresario y ex Diputado José Antonio Galilea Vidaurre, con el objetivo fortalecer el proceso de profesionalización de este órgano directivo estratégico superior.
La Junta Directiva funciona con regularidad, existiendo igualmente actas de sus sesiones.
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